False-positivity in diagnosis of brucellosis associated with Rev-1 vaccine

[No Abstract Available

Epigenetics in Bacteria

Ökaryotlarda olduğu gibi bakterilerde de epigenetik kontrolün önemli bir mekanizması DNA metilasyonudur. Bakterilerdeki metilasyonun ökaryotlardakinden farkı sitozin yerine yaygın olarak adeninin metillenmesidir. Bakterilerin birçok virülans faktörünün epigenetik mekanizmalarla kontrol edildiği düşünülmektedir. Bu konuda en çok çalışılan bakteriler Escherichia coli, Salmonella, Vibrio, Yersinia, Haemophilus, Brucella ve Pseudomonas cinsi olmuştur. Bakterilerde gen ifadelenmesinin nasıl kontrol edildiğinin bilinmesi infeksiyonların kontrolünde yeni seçeneklerin geliştirilmesi için umut olabilecektir. Yeni antibiyotik moleküllerinin geliştirilmesi gittikçe sınırlı bir hale gelmiştir. Moleküler mikrobiyoloji çalışmaları arttıkça, epigenetik mekanizmalar ile bakterilerin virülans faktörlerinin kontrol edilebileceği konusunda yoğunlaşılmıştır. Çok yakında cevaplanabileceğini umduğumuz iki soru Dam inhibitörlerinin infeksiyon tedavisi ve tümör baskılanması amacıyla kullanılıp kullanılmayacağıdır.Like many eukaryotes, DNA methylation is an important mechanism of epigenetic control in bacteria. Unlike eukaryotes, bacteria use DNA adenine methylation rather than DNA cytosine methylation as an epigenetic signal. Epigenetic mechanisms are thought to control several virulence factors of bacteria. Escherichia coli, Salmonella, Vibrio, Yersinia, Haemophilus, and Brucella are the mostly studied bacteria under that topic. Finding out how to control this gene expression in bacteria can facilitate the control of infections that may generate hope for the development of new options. Development of new drug molecules has become increasingly limited. As the number of molecular microbiology studies increase, it has been focused that bacteria virulence factors can be controlled by epigenetic mechanisms. Recently, the usage of Dam inhibitors for the treatment of infection and tumor suppression are the main questions focused on this topic

Relationship among MIF, MCP-1, viral loads, and HBs Ag levels in chronic hepatitis B patients

Background/aim: To determine whether macrophage migration inhibitory factor (MIF) and monocyte chemoattractant protein-1 (MCP-1) levels in patients with hepatitis B (HB) are different than in normal individuals and whether the HB surface antigen (HBs Ag) level and viral load are correlated with each other and with the two aforementioned parameters. Materials and methods: Sera were obtained from 52 chronic active HB (CAHB) patients and 33 healthy controls, and their MIF and MCP-1 levels were measured. Statistical analyses were performed. A value of P < 0.05 was considered statistically significant. Results: The MIF and MCP-1 values of the control group were increased compared to those of the CAHB group. The MIF and MCP-1 levels were negatively correlated with HBs Ag levels and viral loads. The MIF and MCP-1 levels were positively correlated. The HBs Ag levels and the log10 of the viral loads were positively correlated. Conclusion: We conclude that the negative correlation of MIF and MCP-1 with viral load and HBs Ag levels may be due to T-cell deficiency, antinuclear antibody seropositivity, and/or inhibition of chemokine ligand 2 receptors by viral antigens. More studies with a greater number of subjects are needed to evaluate the potential role of MIF and MCP in CAHB

Isolation rates of salmonella-shigella spp. in patients with gastroenteritis and evaluation of antibiotic resistance patterns

OBJECTIVE: Gastroenteritis, particularly infectious diarrhea has worldwide distribution, and is still an important health problem predominantly in the rural areas of Turkey. Shigella and Salmonella species are invasive pathogens. This study was planned with the aim of invastigating the frequency of Shigella and Salmonella isolation rates and to determine the antibiotic resistance patterns of the isolates. MATERIALS and METHODS: The stool specimens sent to our laboratory for culture were analysed retrospectively. Stool specimens were taken primarily into macroscopic and then microscopic examination. Samples including blood/mucus and leukocytes were evaluated as suspicious for invasive disease and bacteriogicalexaminations were performed. Isolates were identified by conventional methods,and tested for susceptibilities against ciprofloxacin, ampicillin, cefotaxime and trimethoprim/sulfomethoxazole(TMP/SMX) by Kirby-Bauer disc diffusion method according to the instructions of CLSI. RESULTS: A total of 90 specimens out of 2669 samples were eligible for the acceptence criteria. Of these samples, 14 (15,6%) were Shigella flexneri, 3(3,3%)were Salmonellaspp. According to the antibiotic susceptibility patterns; out of 14 S.flexneri strains 12(85,7%) were resistant to ampicillin, 2(14,3%) were resistant to trimethoprim/sulfomethoxazole, but no resistance was detected for ciprofloxacin and cefotaxime. Resistance rates of Salmonella species were; 66,7 % for ampicillin, no resistance was detected for TMP/SMX, ciprofloxacin and cefotaxime. CONCLUSION: Differentresistance profilesobtained inthis study showed once again, the importance of having theknowledge about thelocalantibioticresistance patterns, as this maylead for empiricaltreatment and beuseful in limiting the development of resistance. More comprehensive studies are needed to interpretthe results of this preliminary study from this region

In-vitro Activity of Fosfomycin, Nitrofurantoin and Ciprofloxacin Against Escherichia coli Strains Isolated From Community Acquired Urinary Tract Infections

Escherichia coli, üriner sistem inf eksiyonlarından (ÜSİ) en sık izole edilen mikroorganizmadır. Son zamanlarda ülke- mizde üropatojen E.coli suşlarında, ÜSİ tedavisinde sık kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılıkta azalma görülmektedir. Bu çalışmada, ÜSİ ön tanısıyla üroloji polikliniğinden gönderilen idrar kültürlerinden izole edilen E.coli suşlarının siprof loksa- sin, nitrof urantoin ve f osf omisin duyarlılıkları, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk dif üzyon yöntemi ile belirlenmiş; genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (ESBL) üretimi çif t disk sinerji yöntemiyle araş- tırılmıştır. İncelenen E.coli izolatlarında en yüksek direnç oranı % 32.1 ile siprof loksasine karşı saptanmış, bunu % 5.1 ile nitrof urantoin ve % 4.5 ile f osf omisin takip etmiştir. ESBL pozitif lik oranı % 22.5 olarak tespit edilmiştir. Direnç oranları ESBL pozitif ve negatif lerde sırasıyla siprof loksasine karşı % 85.3 ve % 17.3 nitrof urantoine karşı % 12.6 ve % 2.9, f osf omi- sine karşı ise % 13.9 ve % 1.9 olarak saptanmıştır. Bölgemizde siprof loksasine direnç oranında yükselme gözlenmesine karşın f osf omisin ve nitrof urantoin, ÜSİ tedavisinde iyi birer alternatif olmayı sürdürmektedir.Escherichia coli is the most commonly isolated microorganism in cases of urinary tract inf ection (UTI). Currently, in our country, susceptibility of uropathogenic E.coli strains to commonly used antibiotics in the treatment of UTIs has decrea- sed. In this study, the resistance rates of E.coli strains isolated f rom urine samples of patients with UTI f rom urology outpa- tient clinic were determined f or ciprof loxacin, nitrof urantoin and f osf omycin by disk diff usion method according to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) guidelines and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production was tested by double-disk synergy method. In E.coli strains the highest resistance rate was f ound f or ciprof loxacin (32.1 %). This was f ollowed by nitrof urantoin (5.1 %) and f osf omycin (4.5 %). ESBL positivity rate was f ound as 22.5 %. Resistance rates f or ESBL positive and negative cultures were determined as, 85.3 % and 17.3 % f or ciprof loxacin, 12.6 % and 2.9% f or nitrof u- rantoin, 13.9 % and 1.9 % f or f osf omycin. Despite the increased resistance observed f or ciprof loxacin in our region, f osf omycin and nitrof urantoin continue to be a good alternative in the treatment of UTIs

Prevalence of anti-HDV and HDAg in patients with chronic hepatitis B

Objective: In this study, it is aimed to evaluate the correlationof the test results of anti-HDV and HDAg in patientswith chronic HBV infection and to collect data concerningHDV epidemiology.Materials and methods: Anti-HDV and HDAg test resultsand demographic data of the patients with chronic HBVinfection by gastroenterology and infectious diseasesin Agri State Hospital between January 2009-May 2012were analyzed retrospectively. HBsAg and Anti-HBc IgMtests were performed with macroelisa, anti-HDV andHDAg were tested with microelisa.Results: A total of 787 patients constituting 315(40.0%)females and 472(60.0%) males were included in thestudy. All the patients were HBsAg positive and Anti-HBcIgM negative. Of these patients, 55(7.0%) cases wereonly anti-HDV positive; 19(2.4%) were only HDAg positiveand two cases were both anti-HDV and HDAg positive.A total of 76(9.7%) patients had positive findings ofHDV infection. The mean age of HDV-positive patientswas 42.1±15.2 (11-77 years); of these 36(47.4) were femaleand 40(52.6) were male.Conclusion: In patients with chronic viral hepatitis, HDVinfection still remains significant. In our study HDV infectionrate was detected as 9.7%. Although this rate is lowerthan the earlier reports of the same region, it is above thenational average.Key words: HDV, HDAg, delta antigen, anti-HDV, chronic hepatitis B, pai

Kan Kültüründeki Üreme Etkene mi ait? Kontaminasyon mu?

Amaç: Bakteriyemi ve fungemilerin yaklaşık olarak % 30-40 ının tanısını sağlasa da kan kültürü halen altın standarttır. Kan kültüründe mikroorganizmaların hızlı tanınması ve tedaviye erken başlanması mortalite oranını önemli ölçüde düşürmektedir. Otomatize sistemler üreme süresini kısaltmış ve kültürlerin takibini kolaylaştırmıştır. Ancak, içerdikleri zengin besiyeri nedeniyle kontaminasyon oranları da artmıştır. Kan kültüründe üreme olduğu zaman etken/kontaminant ayrımı yapmak kritik önem arz etmektedir. Üreme saptanan şişe/set sayısı, üreme süresi, üreyen mikroorganizma türü, diğer laboratuvar ve klinik bulgular üremenin anlamlı olup olmadığına karar vermek için sıklıkla başvurulan parametrelerdir. Ancak özellikle yalnızca tek şişe örnek alınan hastalarda bu şişede hem etken hem de kontaminant olabilecek bir mikroorganizma ürediğinde bu üremeyi yorumlamak oldukça zordur. Bu çalışmada bakterisidal testin kan kültürlerinin değerlendirilmesine katkısı araştırılmıştır Yöntem: Çalışmaya, Namık Kemal Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Yoğun Bakım Ünitesinde yatan ve nötropenik olmayan hastalardan alınan kan kültür şişeleri (BACTEC 9120 Becton Dickinson,USA) dahil edilmiştir. Şişelerde üreme olduğunda hastadan ve sağlıklı kontrolden hemogram tüplerine kan alınmış, kan kültür şişesinde üreyen mikroorganizma ile hasta ve kontrol kanları 4 saat boyunca 37 oC de rotatorda karşılaştırılmış ve 0., 1., 2., 3. ve 4 saatlerde hemogram tüplerinden alınan örnekler kalibre özelerle % 5 koyun kanlı agara ekilmiş, 18- 20 saatlik inkübasyon sonunda koloni sayımları yapılarak kaydedilmiştir. Üreyen mikroorganizma türü, hastanın kliniği ve inflamasyon belirteçleri temel alınarak etken ve kontaminant ayrımı yapılmış ve bulgular buna göre irdelenmiştir. Hem etken hem de kontaminant kabul edilen örnekler için, hastalar ve kontrol grubu kanlarıyla çalışılan bakterisidal test sonuçları koloni sayımı olarak ( KOB/ml) kaydedilmiştir. 26 etken ve 14 kontaminant üreme için hasta ve control kanlarıyla elde edilen koloni sayımlarının 0.-4. saatlerdeki değerlerinin ortalamaları alınmış ve istatistik karşılaştırmaları non- parametrik Mann- Whitney testi ile yapılmıştır. Bulgular: Çalışmaya alınan 4o adet kan kültüründeki üremelerin 26’ sı etken 14’ü kontaminant olarak gruplanmıştır. Etkenler için, hasta grubunda 0.-4. saatlerdeki ortalama KOB/ml değerleri 911-365 iken, kontrol grubunda 919-790 olarak saptanmıştır. Bu değerler kontaminantlar için sırasıyla 828-431 ve 878-480 olmuştur. Sonuç: Etken ve kontaminant kabul edilen kan kültürü üremeleri için, hasta ve kontrol grubunda elde edilen KOB/ml değerleri istatistiksel olarak karşılaştırıldığında, etken grupta 1. saatten itibaren hasta ve kontrollere ait değerler arasında anlamlı bir fark olduğu saptanmıştır. Bu fark 2. saatte oldukça ileri düzeye ulaşmıştır. Çalışmamızın sonuçlarına göre, kan kültürü şişesinde üreme saptandığında hastadan alınan kan örneği ile üreyen mikroorganizma kullanılarak yapılan bakterisidal test üreyen mikroorganizmanın etken mi? yoksa kontaminant mı? olduğunu yorumlamak için güvenilir bir parameter olma özelliği taşımaktadır

Agents isolated f rom urine samples of children attended the Namik Kemal University Research and Practice Hospital and the rate of antibiotic resistance

Amaç. İdrar yolu enfeksiyonları, çocukluk çağında sık görülen enfeksiyonlardandır. Antibiyotiklerin yaygın kullanımı ile beraber bakterilerdeki antibiyotik direnci ciddi bir sorun haline gelmiştir. Çalışmamızda bölgemizde çocukluk yaş grubundaki hastalarda idrar kültürlerinde üreyen bakteriler ve antibiyotik direnç oranlarının araştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler. Namık Kemal üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesine başvuran çocukluk yaş grubundaki hastaların idrar örnekleri kanlı ve eozin metilen blue besiyerlerine ekilmiştir. Üreyen bakteriler konvansiyonel ve/veya yarı otomatik testlerle tanımlanmış ve CLSInin önerileri doğrultusunda antibiyotik direnç oranları belirlenmiştir. Bulgular. Gönderilen toplam 1003 idrar örneğinin 127 (%12,7)sinde üreme gözlenmiştir. Üreyen bakteri sayı ve oranları: Escherichia coli: 66 (%52,0), koagülaz negatif stafilokoklar: 14 (%11,0), Enterococcus spp: 14 (%11,0), Proteus spp: 10 (%7,9), Citrobacter spp:7(%5,5), Klebsiella spp 7 (%5,5), Pseudomonas spp 6(%4,7) ve Enterobacter spp:1(%0,8) MRSA: 1 (%0,8), Enterobacter spp: 1(%0,8) ve Morganella morganii: 1(%0,8)dir. İzole edilen Gram negatif bakterilerde en yüksek direnç oranı ampisiline karşı (%65,2) bulunmuştur. Koagülaz negatif stafilokoklarda ve enterokoklarda ise en yüksek direnç oranı ise eritromisine (sırasıyla %64,3 ve %85,7 oranlarında) karşı bulunmuştur. Sonuç. Çalışma sonuçlarımız, Gram negatif bakterilerin etken olduğu enfeksiyonlarda imipenem ve amikasin, oral preparatlardan nitrofurantoin ve amoksisilin/klavulanatın; Gram pozitif bakterilerin etken olduğu enfeksiyonlarda ise teikoplanin ve linezolidin tedavide seçilebilecek ajanlar olduğunu ortaya koymaktadır. Bölgesel antibiyotik direnç oranları konusunda bilgi sahibi olunması ile ampirik antibiyotik kullanımında, uygun antibiyotik seçimi sağlanacak ve bu sayede ortaya çıkacak olan tedavi sorunları, mali yük ve antimikrobiyal direnç gelişimi gibi problemler engellenecektir.Aim. Urinary tract infections are the most common infections in childhood. Antimicrobial resistance has become a serious problem as a result of extensive antibiotic comsumption. In this study determining the bacteria grown in urine cultures of children and antimicrobial resistance rates in our region, was aimed. Methods. Urine samples of children who attended the Namık Kemal University Research and Practice Hospital were inoculated blood and eozin metilen blue agar plates. Isolates were identified by conventional and/or semi automated methods and antibiotic resistance rates were determined according to the recommendations of CLSI. Results. Of the 1003 samples sent, growth was obtained in 127(12.7%).The isolates were as follows; Escherichia coli: 66 (52.0%), coagulase negative staphyococci: 14 (11.0%), Enterococcus spp: 14 11.0(%), Proteus spp: 10 7.9(%), Citrobacter spp:7(5.5%), Klebsiella spp 7 (5,5%), Pseudomonas spp 6(4.7%), Enterobacter spp:1(0.8%) MRSA: 1 0.8(%), and Morganella morganii: 1 (0.8%). The highest resistance rates of Gram negative bacteria had higher resistant to ampicilin (65.2%). Coagulase negative staphylococci and enterococci had higher resistant to erithromycine (respectively 64.3%, and 85.7%). Conclusion. The results of our study showed that, in infections caused by Gram negative bacteria imipenem and amikacin, from oral preparats nitrofurantoin and amoksisilin/clavulanate and in infections caused by Gram positive bacteria teichoplanin and linezolide are the agents that can be used in therapy. Knowledge of the regional resistance patterns can lead the selection of appropriate antibiotic in empiric therapy and as a result of this, management problems, financial problems and the development of antimicrobial resistance can be prevented

Seasonality of Tuberculosis in Tekirdağ City, 2007-2011

AimIt is well known that the incidence of many respiratory infections shows seasonal variability. Unlike other respiratory infections, in many studies tuberculosis (TB) diagnoses increase in summer and the mechanism underlying this fluctuation remains unknown. We aimed to examine whether TB has an annual seasonal pattern in Tekirdağ.Materials and MethodsData were obtained from TB dispensaries in Tekirdağ retrospectively. There were 1311 cases of TB notified between January 2007 and December 2011. TB notifications show a seasonal pattern, with a peak in spring and summer, which is present in both pulmonary and extra pulmonary tuberculosis.ResultsTB notification was found highest in summer with the value of 28,4 %.ConclusionTB incidence in Tekirdağ showed seasonality like previous studies held in different countries. There is a need for large longitudinal studies to clarify the underlying mechanisms that may provide a better disease control

The Trend of Tuberculosis in Tekirdağ

AimThe incidence rate of tuberculosis (TB) is estimated by the World Health Organization as 128/100.000 worldwide. The main principles of TB control are early case detection and diagnosis, followed by directly observed treatment of patients. The aim of this study was to analyse the dynamics of TB between 2007 and 2011 in Tekirdağ.Material and MethodsData were obtained from TB dispensaries and separated into oneyear categories. Case notification rates were analysed by different age groups (0–14, 15–24, 25–44, 45–64, 65 and above). The patients were divided into two groups according to involved organs: pulmonary (smear/culture positive=PSP and smear/culture negative/unknown=PSN/U) and extrapulmonary. Antibiotic susceptibility tests to major antituberculosis drugs were performed on M. tuberculosis strains that were grown in culture and suspected of being resistant. Resistance to both INH and rifampicin were accepted as multiple drug resistance tuberculosis (MDR-TB).ResultsA total of 162.291 patients were examined, and out of this population, 1311 (0.8%) tuberculosis patients were evaluated. The distribution of case notification rates by year were 44.6%, 34.6%, 33.4%, 28.6%, and 27.6%from 2007 to 2011, respectively. Pulmonary and extrapulmonary TB rates were 74.5%(46.0%PSP and 28.5%PSN/U) and 25.5%, respectively. Extrapulmonary TB rates were 42.3% and 17.6% in men and women, respectively. Resistance rates against INH, rifampicin, ethambutol, and streptomycin were 21.6%, 8.8%, 1.6%, and 6.4%, respectively. The MDR-TB rate was 6.4%.ConclusionSystematic implementation of directly observed treatment programs plays an important role in decreasing TB incidence. Because the TB rates in our region are above the average for Turkey, screening and follow-up procedures must be conducted more stringently and regularly